Sin embargo, el origen del cacao Nacional era todavía desconocido, por lo que hubo que recurrir a nuevos análisis de ADN para buscar pistas entre las distintas variedades nativas. Existen poblaciones de cacao salvaje en toda la región amazónica, desde Colombia hasta la Guyana y Brasil. Desde hace varias décadas se ha hecho la búsqueda de estos tipos en estado natural. El material vegetal producto de esta amplia prospección se conserva actualmente en varias colecciones locales e internacionales. El proyecto de investigación tuvo acceso a estos materiales y pudo efectuar la comparación de las huellas genéticas de ADN del material salvaje con los representantes de la variedad nativa Nacional.

Esta comparación permitió demostrar el gran parentesco existente con algunos árboles colectados hace más de 30 años en la región amazónica de Zamora Chinchipe, en el sur del Ecuador y los análisis de ADN volvieron a dar su veredicto. A pesar de que en la actualidad su cultivo se encuentra más desarrollado en la región costera del Pacífico, la región oriental de Zamora Chinchipe resulta ser entonces el centro de origen de la domesticación probable de la variedad Nacional. Los intercambios entre sociedades amazónicas y costeras podrían explicar esta migración que parece ser muy antigua.
El primer europeo en descubrir los granos de cacao fue Cristóbal Colón, al llegar a lo que hoy es Nicaragua durante su cuarto viaje.
Más de un milenio antes del Descubrimiento de América, las culturas Toltecas, Mayas y Aztecas ya lo cultivaban. Usaban el cacao como moneda, y para preparar una bebida deliciosa, el XOCOLAT, como descubrió Hernán Cortés, cuando Moctezuma II organizaba banquetes en su honor. Pero por su sabor amargo, tardó casi un siglo en ser introducido en Europa y empleado para hacer una bebida.
Dominado por España, el negocio del cacao fue rentable a mediados del siglo XVI, lo que potenció el cultivo en lo que hoy es la costa ecuatoriana. En 1600 había ya pequeñas siembras a orillas del río Guayas. Este cacao tenía una fama especial por su calidad y aroma floral típico, proveniente de la variedad autóctona que hoy llamamos “Nacional” o “Arriba”. En 1789, la Cédula Real obtiene la facultad de exportar el cacao desde Guayaquil, en lugar del Callao.
En las primeras décadas del siglo XIX, más del 50% de la producción de cacao se encontraba en Venezuela. En la década de 1820, los portugueses introducen la pepa de oro en Ghana y otros países del centro de África. En ese entonces, la tercera parte de la producción mundial de cacao era consumida por los españoles. Durante el mismo siglo, se empieza a extender el cultivo en Brasil.
A finales del siglo XIX, los suizos producen el primer chocolate en leche. Los chocolates suizos conquistan cantidades de premios en festivales internacionales, dando origen a la industria que conocemos hoy en día.
El Gran Cacao
En 1830, se declara la fundación del Ecuador. Muchas familias adineradas dedican sus tierras a este producto, en haciendas denominadas “Grandes Cacaos”. Ubicadas preferentemente en Vinces y otros cantones de Los Ríos, se hace una costumbre de alcurnia encargar a terceros la administración de estas haciendas para pasar largas temporadas en Europa. De ahí el mote de “París Chiquito”.
La producción se duplica hacia 1880 (15.000 TM), y de ahí se triplica por los años 20’s (40.000 TM). Durante la década de 1890, Ecuador es el mayor exportador mundial de cacao. Los primeros bancos del país se crean gracias a la base sólida que ofrece el cacao como motor económico nacional.
La década de 1920 es funesta. La aparición y expansión de las enfermedades Monilla y Escoba de la Bruja, reducen la producción al 30%. Sumado eso a la falta de medios de transporte y mercados internacionales como consecuencias de la Primera Guerra Mundial, el cacao y la economía ecuatoriana entran en un periodo de depresión e inestabilidad.
En la actualidad, la mayor parte del cacao ecuatoriano corresponde a una mezcla de Nacional y trinitario introducidos después de 1920 por considerarse más resistente a las enfermedades. Sin embargo, el sabor Arriba sigue permaneciendo ya que el Ecuador tiene las condiciones agro-climáticas para el desarrollo del cultivo.